En mars 2013, elle met en scène Yukonstyle de Sarah Berthiaume, jeune auteure québécoise (création mondiale à La Colline – théâtre national, puis tournée au Théâtre Vidy-Lausanne, MC2 Grenoble, Le Préau à Vire, et au CDN Besançon Franche-Comté en décembre 2013). Elle crée en 2014, à Reims et Paris, Aglavaine et Sélysette de Maurice Maeterlinck.
Depuis juin 2013, elle est nommée directrice du CDN Besançon Franche-Comté où elle a créé en janvier 2015 La Bête dans la jungle suivie de La Maladie de la mort, d’après Henry James et Marguerite Duras. En 2016, elle collabore avec Claude Duparfait, à la mise en scène de La Fonction Ravel.
Par ailleurs, elle travaille avec la plateforme Siwa sur un projet autour de L’Orestie d’Eschyle, mené par une équipe franco-iraquienne. Elle créé en 2016 au CDN de Besançon Franche-Comté Un amour impossible, d’après le roman de Christine Angot adapté par l’auteur, avec Bulle Ogier et Maria de Medeiros, puis en janvier 2018 la pièce Bérénice de Racine, accompagnée de Césarée, court-métrage de Marguerite Duras.
Depuis plusieurs années, Célie Pauthe mène, parallèlement aux créations, un travail de pédagogie avec de jeunes acteurs dans différentes écoles de théâtre français (Ensatt, Esad, Erac)